1. дата, место, время
2. состав ликвидационной комиссии с указанием кворума
3.  избрание председателя, секретаря и счетной комиссии заседания
4. повестка дня
5. решение следующих вопросов с голосованием:

-Подготовить и составить промежуточный ликвидационный баланс (или ликвидационный баланс) Организации.

-Представить на утверждение ВОУ Организации промежуточный ликвидационный баланс (или ЛБ).

6. подписи, печать

нотариальную доверенность оформлять необходимо это, если физическое лицо будет голосовать, а от юридического лица достаточно простой письменной с подписью и печатью
и не забудьте всегда к протоколу прикладывать копии доверенности, если имело место голосование по доверенности

В Минюст подается следующий комплект документов:
1. форма Р14001 - 2 экз., 1 экз. - нотариальный, 1 экз. - подписанный заявителем
2. протокол конференции (выписка из протокола) - 2 экз.
3. протокол регистрации или список избранных делегатов - 2 экз.
4. протоколы региональных отделений  
5. нотариальная доверенность, если подает доверенное лицо
6. можно приложить копию действующей редакции устава

Для того, чтобы грамотно подготовить протокол, необходимо смотреть устав.
Что обязательно указываем в протоколе конференции:
-очередная или внеочередная конференция, номер протокола
-место, время и дата проведения конференции
-общее количество рег. отделений
-сколько всего делегатов избрано от рег. отделений  (смотреть по уставу норму представительства делегатов на конференцию)
-сколько присутствует делегатов от рег. отделений
-кто ещё по уставу в обязательном порядке должен присутствовать на конференции
-обязательно должно быть прописано следующее - согласно Уставу ____(название) норма представительства делегатов определяется_____(например, президиумом). Норма представительства делегатов на очередную/внеочередную конференцию – __ делегат от __ региональной федерации (отделения).
-кворум
-избрание счетной комиссии, председателя, секретаря
-повестка дня
-кто выступает по каждому вопросу
-принятые решения, голосование по всем вопросам -  за/против/воздержался
-подписи председателя, секретаря, печать организации
Смотрим по уставу, что ещё обязательно должен содержать протокол.

Протокол (или выписка из протокола) для подачи в Минюст должен быть прошит, пронумерован, заверен печатью организации и подписью заявителя.

может у Вас название кардинально не менялось и коды соответствовали новому названию?
могу также предположить, что Минюст просто на коды не обратил внимание и такое часто бывает
я же стараюсь всё предусмотреть, чтобы в будущем у организации не было проблем, например, для участия в конкурсе на выдачу гранта

года два назад по фонду отказывали на основании ГК РФ Статья 123.20. 2. Фонд может быть ликвидирован только на основании решения суда, принятого по заявлению заинтересованных лиц, в случае, если:
1) имущества фонда недостаточно для осуществления его целей и вероятность получения необходимого имущества нереальна;

2) цели фонда не могут быть достигнуты, а необходимые изменения целей фонда не могут быть произведены;

3) фонд в своей деятельности уклоняется от целей, предусмотренных уставом;

4) в других случаях, предусмотренных законом.

К другим НКО это не относится.

наиболее универсальная форма под Вашу деятельность - АНО, а так можно ещё и частное учреждение, но учредитель в ЧУ может быть только один (физическое или юридическое лицо), соучредительство законом запрещено.

заверить форму  Р13001, оформить протокол о внесении изменений в устав, внести изменения в устав, оплатить госпошлину 800 рублей, подать документы в Минюст
по закону об НКО - собрать не всех, а более половины членов (но опять же смотрите по уставу союза, возможно в уставе прописаны и все члены)

да, необходимо вносить изменения в устав, где предусмотреть положение о проведении заочного голосования по всем вопросам, кроме предусмотренным абз. 2-9 п. 3 ст. 29 ФЗ "О некоммерческих организациях" №7-ФЗ, плюс можно увеличить срок проведения очередного собрания и поставить, например, раз в пять лет

Как раз по таким вопросам - исключительной компетенции общего собрания членов, законодательство и запрещает проводить заочное голосование, только путем совместного присутствия членов.
Общее собрание членов некоммерческой организации или заседание коллегиального высшего органа управления некоммерческой организацией правомочно, если на указанном собрании или заседании присутствует более половины его членов.