нет такой обязанности
НКО, решившие начать предпринимательскую деятельность, могут либо организовать эту деятельность в рамках своей организации, либо учредить отдельное юридическое лицо.
Источниками формирования имущества некоммерческой организации в денежной и иных формах являются:регулярные и единовременные поступления от учредителей (участников, членов);
добровольные имущественные взносы и пожертвования;
выручка от реализации товаров, работ, услуг;
дивиденды (доходы, проценты), получаемые по акциям, облигациям, другим ценным бумагам и вкладам;
доходы, получаемые от собственности некоммерческой организации;
поступления денежных средств, предусмотренных ч. 4.3 ст. 12 ФЗ от 24 июля 2008 года N 161-ФЗ "О содействии развитию жилищного строительства";
другие не запрещенные законом поступления.

Вести бух. учет только будет сложнее бухгалтеру, нужно разделить целевую деятельность и предпринимательскую.

В случае непредставления в установленный срок ежегодной отчетности (до 15 апреля года, следующего за отчетным)  – по ст. 19.7. КоАП РФ (влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц - от 300 до 500 рублей; на юридических лиц - от 3000 до 5000 рублей).
Но вообще сразу не штрафуют или ликвидируют, а выносят предупреждение об устранении нарушений действующего законодательства, которое направляется по адресу ее руководящего органа и месту жительства руководителя НКО. В предупреждении устанавливается срок (не менее месяца), в течение которого НКО должна устранить выявленные нарушения и представить в Минюст соответствующие документы.

именно под услуги, а не под образовательную деятельность, тогда точно не нужно
можно официальное письмо написать в Минобразование, чтобы разъяснили

с 2006 года постановлением Правительства Российской Федерации от 15.04.2006 № 212 «О мерах по реализации отдельных положений федеральных законов, регулирующих деятельность некоммерческих организаций» введен порядок и сроки сдачи отчетности в Минюст
отчетность можно отправить почтой в территориальный орган Минюста с описью вложения - датой представления некоммерческой организацией указанных документов считается дата отправки почтового отправления с описью вложения, если документы представлены в виде почтового отправления с описью вложения.
Уполномоченный орган (его территориальный орган) не вправе отказать в принятии указанных документов и в случае их непосредственного представления некоммерческой организацией обязан выдать расписку с отметкой об их получении.
Если в Москве зарегистрирована организация, то отправляете по адресу - г. Москва, ул. Кржижановского, д. 13, корп. 1  

лучше, начиная с 2006 года, сдать всю отчетность в Минюст (либо в эл. виде, но ввиду того, что организация не значится в реестре, то могут возникнуть сложности, тогда подайте на бумажном носителе и сдайте в канцелярию), после этого можно спокойно подавать документы на изменения и Вас точно не завернут
при получении зарегистрированных документов Минюст выдаст Вам новое свидетельство
я сталкивалась с такой же ситуацией и организация отказалась сдавать отчетность, в итоге под их ответственность подавала документы на регистрацию изменения и всё прошло успешно, но это риски, решайте сами

коды также важны для НКО, как и для коммерческих, но я тоже часто сталкиваюсь с такой же ситуацией и всегда при изменениях дополнительно вношу коды в ЕГРЮЛ

я бы не рисковала и неважно, что нулевая отчетность, лучше везде отчитаться и спокойно подавать на ликвидацию, в ПФР уж точно необходимо отчитаться

ст. 24 ФЗ-7 "О НКО" - 2. Некоммерческая организация может осуществлять предпринимательскую и иную приносящую доход деятельность лишь постольку, поскольку это служит достижению целей, ради которых она создана и соответствует указанным целям, при условии, что такая деятельность указана в его учредительных документах. Такой деятельностью признаются приносящее прибыль производство товаров и услуг, отвечающих целям создания некоммерческой организации, а также приобретение и реализация ценных бумаг, имущественных и неимущественных прав, участие в хозяйственных обществах и участие в товариществах на вере в качестве вкладчика.

написать запрос в свободной форме и указать ошибку, которую необходимо исправить, запрос вместе с оригиналом ошибочного свидетельства о регистрации некоммерческой организации подать в канцелярию - так будет дольше
либо постараться дозвониться до исполнителя, который занимался регистрацией, по практике этот способ намного быстрее, день-два и мы приезжаем за новым свидетельством, возвращая старый.

ст. 91 ФЗ Об образовании в РФ - 1. Образовательная деятельность подлежит лицензированию в соответствии с законодательством Российской Федерации о лицензировании отдельных видов деятельности с учетом особенностей, установленных настоящей статьей. Лицензирование образовательной деятельности осуществляется по видам образования, по уровням образования, по профессиям, специальностям, направлениям подготовки (для профессионального образования), по подвидам дополнительного образования.
2. Соискателями лицензии на осуществление образовательной деятельности являются образовательные организации, организации, осуществляющие обучение, а также индивидуальные предприниматели, за исключением индивидуальных предпринимателей, осуществляющих образовательную деятельность непосредственно.
Ранее в Постановлении Правительства РФ от 28.10.2013 N 966 (ред. от 29.11.2018) "О лицензировании образовательной деятельности" (вместе с "Положением о лицензировании образовательной деятельности") была статья, что получение лицензии не требовалось в тех случаях, когда в результате учебы не производилась аттестация, и не выдавался итоговый документ об образовании. Примеры -  тренинги, семинары или лекции.
Сейчас я посмотрела и этого пункта нет.
3. Образовательная деятельность как лицензируемый вид деятельности включает в себя оказание образовательных услуг по реализации образовательных программ по перечню согласно приложению.
Поэтому подробно почитайте постановление, изучите этот вопрос, в постановлении указан закрытый перечень образовательных услуг, подлежащих лицензированию.
Но мое личное мнение, что, т.к. в перечне отсутствуют услуги по проведению разовых лекций, консультаций и семинаров, то даже несмотря на отсутствие специальной оговорки (как это было в ранее действующем положении о лицензировании образовательной деятельности), проведение семинаров, консультаций, разовых лекций, как и ранее, не подлежит лицензированию.