Вы как-то всё буквально воспринимаете!
в одном вопросе на собрании решается прекращение и назначение на должность и по нему проводится голосование, т.к. по всем вопросам, которые обсуждаются на собрании должно быть проведено голосование и какая бы причина не была, а закон все причины описать не может, он лишь дает четкие рекомендации по общим вопросам
вначале прекращаем, потом назначаем нового

может Вы имеете ввиду два лица, действующих без доверенности от имени юридического лица?
т.к. два ЕИО быть не может
ещё раз прочитайте статью - ст. 123.19 ГК РФ - Высший коллегиальный орган фонда избирает единоличный исполнительный орган фонда (председателя, генерального директора и т.д.) и может назначить коллегиальный исполнительный орган фонда (правление) или иной коллегиальный орган фонда, если законом или другим правовым актом указанные полномочия не отнесены к компетенции учредителя фонда.

1 сентября 2014 года в ГК РФ было внесено много изменений в сфере НКО, поэтому устав Вам в любом случае необходимо менять и приводить в соответствие
Высший орган, если несколько учредителей - общее собрание учредителей, если один  - учредитель (ст. 123.25 ГК - 1. Управление деятельностью автономной некоммерческой организации осуществляют ее учредители в порядке, установленном ее уставом, утвержденным ее учредителями).
Если меняете название, то цели и направления должны полностью отражать новое наименование и не выходить за его рамки, также посмотрите коды ОКВЭД, соответствуют ли они новому названию и целям, если нет, то их тоже необходимо менять.
Должность тоже можно поменять, тогда, помимо формы Р13001, подаете и форму Р14001
Все изменения можно провести за один заход

да, будет основанием отказа, т.к. есть требования ФЗ "Об образовании в Российской Федерации" от 29.12.2012 N 273-ФЗ, ст. 25 - 2. В уставе образовательной организации должна содержаться наряду с информацией, предусмотренной законодательством Российской Федерации, следующая информация:1) тип образовательной организации;

2) учредитель или учредители образовательной организации;

3) виды реализуемых образовательных программ с указанием уровня образования и (или) направленности;

4) структура и компетенция органов управления образовательной организацией, порядок их формирования и сроки полномочий.

мы указываем освободить на основании закона, где четко сказано - образование органов некоммерческой организации и досрочное прекращение их полномочий;
если не нравится освободить, то можно заменить - прекратить в связи со смертью полномочия такого то и избрать такого то

а освободить (прекратить) мы в любом случае должны, чтобы на это место избрать новое лицо и неважно по какой причине

и голосование по данному вопросу тоже обязаны провести, т.к. это требование закона

да, без разницы, если ревизионная комиссия, то, как минимум, двое лиц, участвующих в данной комиссии
если ревизор, то избираете одно лицо

конечно чья-то ошибка, желательно выяснить чья?
если организация только недавно зарегистрирована и, если ошибка не заявителя,а налоговой, то подаете заявление в УФНС в свободной форме об исправлении ошибки, налоговая Вам всё быстро исправит
если ошибка заявителя, но необходимо подать форму 14, где указать верную должность, заверить форму у нотариуса и подать в Минюст, к 14 форме подать протокол ВОУ с разъяснениями, что исправляете ошибку, допущенную заявителем при регистрации, чтобы Минюст понял зачем подается 14 форма.
я бы вначале выяснила кто сделал ошибку, исправила её и уже потом занималась изменением адреса

а что Вы предлагаете делать?
организация не может быть без руководителя, это в интересах всех членов, которые будут голосовать

необходимо собрать общее собрание членов, обязательно должен быть кворум (смотрите по своему уставу), данный вопрос решается квалифицированным большинством
да, досрочно освободить от должности ЕИО ФИО в связи со смертью
и сразу избираете нового руководителя
в Минюст прикладываете обычную копию свидетельства о смерти

заявителем в Минюст будет являться новый руководитель

по Регламенту Минюста им можно подать в электронном виде, на практике мои клиенты не подавали
а вот некоммерческие кооперативы и товарищества в налоговую подаем, это же тоже НКО