На себестоимость продукции в переделах норм естественной убыли, ну а далее на финансовые результаты сверх норм естественной убыли.

тогда на капитальные вложения и увеличение первоначальной стоимости оборудования

Я тоже думаю, что если копейки, то лучше заплатить и спать спокойно.
Для контрагентов иногда получаю справку об отсутствии задолженности. Там тоже указывают, что задолженность есть и все, а расшифровка уже прилагается отдельно.

если на каждого сотрудника, то РКО. Но мне кажется удобнее выдавать по платежной ведомости и к ней РКО. И соответственно кассовая книга.

Вы возможно путаете, книга УСН не документ отчетности, она документ налогового учета. В СБИСе она возможно по причине того, что могут потребовать в рамках проверки из налоговой. И из СБИСа ее уже можно будет отправить по ТКС.

А в эксплуатацию уже ввели?

А почему нет? Конечно, через кассу.

Сдавать книгу УСН? Нет, не надо. Её надо распечатать и хранить 4 года. В налоговую она предоставляется по Требованию.

По правильному конечно должны уведомлять об изменении условий ТД за два месяца. Но на практике, особенно в случае увеличения насколько я знаю так никто не делает. На всякий случай подпишите со всеми дополнительное соглашение к трудовому договору.

Да. Налог платите заново по правильным реквизитам