Это вы еще не сталкивались с ручками сотрудников ПФР ))) И с их замечательной программой которая может висеть неограниченное время.

Да, кроме суммы удержания из дохода сотрудника работодатель может вычесть и уплаченную банку комиссию за проведение платежа.

Штрафы могут быть.
На компанию — от 50 000 до 100 000 руб., для руководителей и ИП — от 15 000 до 20 000 руб.

В 3 дня с момента выплаты сотруднику.

Я вот тоже склоняюсь, что отказываться от бумаги рано. Хотя бы работодателю при приеме нового сотрудника будет что почитать, а то, как я поняла, получать данные из ПФР пока сложно и не все захотят делать какие-то движения, а так на руках посмотрят.

С компенсации при увольнении за неиспользованный отпуск и с арендной платы удержания производить надо.

На ваше усмотрение, законом не запрещено выплачивать зарплату частично наличными, а частично на карту. Но и обязанности для работодателя делать так по заявлению работника тоже нет. Поэтому если в трудовом или коллективном договоре разделение зарплаты на наличную и безналичную части не предусмотрено, то работник не вправе требовать разделения выплат (ст. 136 ТК РФ). Если вы как работодатель все же не против платить зарплату в разной форме, необходимо оформить дополнительное соглашение к трудовому договору, включив туда такое условие.

Исполнительный лист вместе с сопроводительным письмом и с копией приказа об увольнении работника отправляете заказным письмом с уведомлением о вручении обратно в  службу судебных приставов. Это надо сделать на следующий рабочий день после того как к вам поступил исполнительный лист.

А в трудовом договоре с ним что прописано?

Отправьте исполнительный лист обратно с наилучшими пожеланиями.