В бухгалтерском учете выплаты, которые перечисляют за другое лицо отражают на 76 счете (расчеты с разными дебиторами и кредиторами) и это тоже вносит определенную неразбериху для бухгалтера.

Правильно понимаю, что договор не уточняет к каким периодам, относятся страховые взносы?

Да, конечно.

Обязаны выдавать не реже одного раза в месяц, но можем выдавать при каждой выплате заработной платы.

Так же по НДФЛ работодатели не могут оплачивать долги из собственных средств. Только в случае если недоимка выяснилась в результате налоговой проверки. п. 9 ст. 226 НК РФ.

Выплаты на травматизм регулируются не НК, а федеральным законом от 24.07.98 №125-ФЗ. И в данном законе нет нормы позволяющей платить за других.

Ну вот у всех ИФНС свое мнение.

Согласна, вы конечно можете это сделать п. 1 ст. 45 НК РФ вместо налогоплательщика налоги могут уплатить иные лица. В т.ч. страховые взносы – п. 9 ст. 45 НК РФ.

Но есть и некоторые ограничения, например, травматизм и НДФЛ вы уплатить не сможете.

Позвоните в свою ИФНС по месту принятия отчета, спросите у них, что лучше пересдать или они отчет все-таки примут. Сейчас налоговая уже разобралась с этой ошибкой и вроде принимают такие отчеты, но лучше уточнить именно у вашей.