Внести исправления в первичные отгрузочные документы и составить новый, исправленный экземпляр счета-фактуры.

Нет. Зачем? Вы не составляете никакого соглашения или иного документа об изменении цены.

Руками все убрала, не стала разбираться. Возможно правда это из-за неправильно разнесенного банка, где ни будь галочку оплаты не поставили.

Да. при определении налоговой базы плательщики налога по УСН, выбравшие объект налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, вправе уменьшить полученные ими доходы на расходы на дезинфекцию помещений и приобретение приборов, лабораторного оборудования, спецодежды и других средств индивидуальной и коллективной защиты для выполнения санитарно-эпидемиологических и гигиенических требований органов государственной власти и органов местного самоуправления, их должностных лиц в связи с распространением новой коронавирусной инфекции.

Да. Совместители не включаются в среднесписочную.

Да. По правилам в данном случае ставится «0».

Я вот и пыталась как раз найти программу, которая сама подтягивает чеки, чтобы не забивать руками.