Образовавшаяся недоимка пусть даже и на уровне копеек может привести к следующим негативным последствиям:

• ИФНС может заморозить банковский счет. Конечно, согласно закону, блокировать она может только недостающие копейки. (Минфин от 11.04.2016 №03-02-08/20569). Но часто ИФНС игнорируют правила и блокируют счет полностью.

• компания не сможет воспользоваться скидкой к страховому тарифу по взносам на травматизм, так как отсутствие недоимки на день подачи заявления - одно из условий ее получения.

• банк может отказать в выдаче кредита, если справка об отсутствии задолженности организации по налогам будет отсутствовать. Ведь если на дату, указанную вами в запросе о выдаче справки, за организацией числится пусть и копеечная, но недоимка, инспекция выдаст вам справку с записью о наличии задолженности.
  

Тогда смело оплачивайте с расчетного счета ИП. Проблем быть не должно. Индивидуальный предприниматель имеет право распоряжаться своими доходами.