нельзя, всё должно быть в печатном виде
устав перешить титульный лист
и протоколы, более 1 стр., как правило, поэтому перешейте первые страницы и сделайте всё печатно, не рискуйте, это лишняя зацепка для Минюста  

я бы указала индекс, как в программе, т.к. налоговая тоже укажет Вам этот индекс, а гарантийное письмо либо переделать, либо оставить как есть (ничего страшного, что индекс немного другой), либо вообще не подавать, это не обязательный документ и на регистрацию никак не повлияет

нет
смотрите ст. 19 ФЗ-82 - Учредителями, членами и участниками общественных объединений могут быть граждане, достигшие 18 лет, и юридические лица - общественные объединения.

подать в Геральдический совет следующий пакет документов:
-заявление в произвольной форме о проверке наименования на получение разрешения (укажите вх. номер и дату заявления)
-протокол общего собрания учредителей о регистрации
-проект устава
Все документы положите в конверт и бросьте в ящик по адресу -  г. Москва, ул. Петровка, д. 17, стр.11, Департамент культуры города Москвы (ящик для приема корреспонденции).

зайдите на сайт БФ "Второе дыхание" - это как раз благотворительный магазин
на сайте найдете всё что нужно по данной теме, есть устав, благотворительная программа, всё можно скачать и применить для своего магазина, но слово "магазин" в НКО ни в названии, ни в уставе Вам никто не пропустит, замените на материальную поддержку или что-то другое
либо такие магазины регистрируются как ООО и ИП.
удачи!

организация подает копию устава, где указана должность президента, вопрос - не возникнут ли у Минюста вопросы, что одно лицо с должности президента сняли, а другое лицо не избрали? может как-то в протоколе прописать, что новый президент якобы будет избран позже, например, в течение месяца.....?
а то 100% такой вариант, о котором Вы пишите, не пройдет  

без внесения изменений в устав этот вариант самый подходящий

ГК РФ ст. 123.24 п. 1. Автономной некоммерческой организацией признается унитарная некоммерческая организация, не имеющая членства и созданная на основе имущественных взносов граждан и (или) юридических лиц в целях предоставления услуг в сферах образования, здравоохранения, культуры, науки и иных сферах некоммерческой деятельности.Автономная некоммерческая организация может быть создана одним лицом (может иметь одного учредителя).
.

Потому что в соответствии с п. 3 ст. 14 ФЗ об НКО в учредительных документах некоммерческой организации должны определяться предмет и цели деятельности некоммерческой организации. На основании п. 1 ст. 24 ФЗ об НКО некоммерческая организация может осуществлять один вид деятельности или несколько видов деятельности, не запрещенных законодательством Российской Федерации и соответствующих целям деятельности некоммерческой организации, которые предусмотрены ее учредительными документами.

Наличие в уставе некоммерческой организации формулировок «иные цели», «иные виды деятельности», «основные виды деятельности» без указания на перечень дополнительных видов деятельности, и иных аналогичных формулировок, предполагающих открытый перечень целей и видов деятельности, равно как и осуществление деятельности за рамками характера деятельности, отраженного в наименовании некоммерческой организации и уставных целях, недопустимо.

любое заинтересованное лицо