Может быть автор говорит о том, что поступления на расчетный счет незначительные (какие нибудь авторские или остатки платежей по прошлым договорам), а сумма долга огромная, поэтому гену и трясёт, что выплатит долг он не сможет.

Если учесть, что у них не было денег, чтобы организовать своевременную сдачу регламентированной отчётности, то любая цена для них будет - ДОРОГО.
При таком букете как у них ликвидацию дешево не сделаешь.

Во-первых в случае камеральной или выездной проверке вашей организации )
Кроме этого требования о предоставлении пояснений могут прислать в рамках встречной проверки, которая проводится в связи с камеральной или выездной проверкой другого налогоплательщика или которая проводится для получения документов, касающихся конкретной сделки.

Могу предположить, что должник в курсе того, что компания ликвидирует и возможно будет тянуть время до ликвидации компании в надежде что после ликвидации истца долг исчезнет.

Если 3 месяца со дня опубликования не истекли, то вам нужно в регорган подать форму Р38001, чтобы налоговая отменила решение о предстоящем исключении вашего должника из ЕГРЮЛ.
После этого выясняйте отношения с должником.

Насчёт того исчезнут или нет не подскажу. Скажу ещё, что убрать эти записи вы не сможете да и не нужно.

В одной ОООшке висят такие записи уже больше года - не исчезают.

Нам они никак не помешали. После внесения в ЕГРЮЛ информации о предстоящем исключении юр лица из ЕГРЮЛ как недействующего, подавали 38 форму, потом, через 2 месяца, вводили директора в состав участников этого ООО.

Так что наличие этих записей в ЕГРЮЛ никак не скажется на возможности вносить изменения в ЕГРЮЛ в сведения об участнике.

Право применения УСН теряется, если нарушено любое из нижеприведенных условий ее применения. В этом случае компания автоматически переходит на ОСН с начала квартала, в котором допущено нарушение (п. 4 ст. 346.13 НК РФ).

Условия применения УСН:
Доходы за год - не больше 150 млн руб.. Для перехода с ОСН на УСН с 2020 г. доходы за 9 месяцев 2019 г. должны быть не более 112,5 млн руб.
Бухгалтерская остаточная стоимость ОС - максимум 150 млн руб.
Средняя численность работников - не более 100 человек.
Максимальная доля других организаций в уставном капитале - 25%.
У организации нет филиалов. При наличии других обособленных подразделений, в том числе представительств, УСН применять можно.

Организация с объектом "доходы" также теряет право на УСН, заключив договор простого товарищества или доверительного управления.

Об утрате права на УСН направьте сообщение в инспекцию не позднее 15-го числа первого месяца следующего квартала. Не позднее 25-го числа того же месяца сдайте декларацию по УСН.
Так, если лимит по доходам превышен в 3 квартале, считается, что вы перешли на ОСН с 1 июля. Сообщение в инспекцию надо представить не позднее 15 октября, а декларацию по УСН - не позднее 25 октября (п. 5 ст. 346.13, п. 3 ст. 346.23 НК РФ, Письмо Минфина от 06.09.2018 N 03-11-11/63815).

Возможно в регионах где-то и есть частные случаи, но по общему правилу добровольно перейти с ЕНВД на ОСН, УСН и другие системы налогообложения можно только со следующего календарного года (п. 1 ст. 346.28 НК РФ). А значит, днем перехода будет считаться 1 января следующего года. Именно с этой даты необходимо отсчитывать пятидневный срок для подачи заявления. Она указывается в заявлении, а также считается днем снятия с учета (п. 3 ст. 346.28 НК РФ).