Наверное с того момента, как приняли закон, который даёт возможность оплачивать третьими лицами за должника, этот вопрос потерял свою остроту.

Если данные документа, которые были при выдаче свидетельства о постановке на учёт, изменялись, например был получен новый паспорт, то вводя новые данные, система может не показать ИНН. Это проверено на российских паспортах, наверняка также работает и с иностранными паспортами.

А какую форму баланса вы сдаёте и сколько участников в компании?
Предположу, что в компании несколько участников, а вы подаёте упрощённую форму.
Это может быть причиной отказа в регистрации.

Есть обсуждение в соседней теме - Что делать с архивами личных дел?.

Кто-то сдаёт, кто-то нет.
Видимо каждый решает для себя самостоятельно, в зависимости от ценности документов.

Судебной практики не встречал.

Скорее да.

В 33 налоговой налоговый инспектор так и сказал одному клиенту. Но там конечно предыстория своя.
В ООО (участник и директор муж), заключил договор на оказание услуг (реклама) с ИП (жена). Муж поехал в командировку, жена решила перевести какую-то сумму ему лично на карту. Банк не пропустил платеж и запросил документы, подтверждающие расходы по предыдущим снятиям. Подтверждений конечно не предоставили, счёт заблокировали по 115 фз. Пошли в налоговую спрашивают за ситуацию. Там над ней посмеялись, сказали что молодцы, типа додумались как деньги выводить, вы бы, говорят, ещё поставили в ООО управляющим ИП мужа сделали. Нам, говорят, все эти схемы ухода от налогов известны. Мы за такими следим тщательно.

Для них это схема уклонения от уплаты налогов.

Если сумма превышает 10000 руб, то должен заключаться договор займа? Это согласно ГК.
У вас какая сумма?

Если договор займа должен быть совершен в письменной форме, оспаривание займа по безденежности путем свидетельских показаний не допускается, за исключением случаев, когда договор был заключен под влиянием обмана, насилия, угрозы или стечения тяжелых обстоятельств, а также представителем заемщика в ущерб его интересам.

Заемщик вправе доказывать, что предмет договора займа в действительности не поступил в его распоряжение или поступил не полностью (оспаривание займа по безденежности)

Проверкой на аффилированность.

Налог на имущество это самостоятельный налог.
Патент это фиксированный налог на доход от предпринимательской деятельности.
Один другого никак не заменяет и не отменяет.