Однозначно может высказаться только нотариальная палата. В остальном будем только собирать варианты мнений разных нотариусов.

Вам сколько нотариусов высказали свои толкования?
Есть возможность узнать еще одно у Московского нотариуса.  

Да, возможно!
При создании новой компании можно избрать управляющего.

Решения или протоколы это внутренние документы компании. Целиком навряд ли кто их выдаст, разве пойдут на встречу просьбам и сделают выписку из протокола о реорганизации.
А так информация о правопреемнике содержится в ЕГРЮЛ.
Скачайте выписку юридического лица, прекратившего деятельности путем реорганизации в форме присоединения. Там есть сведения и о прекращении и о правопреемнике.
Думаю им предложат тоже самое.

С 2017 года администрированием страховых взносов по пенсионному страхованию и соцстраху занимается налоговая служба.
Основная их функция - контроль за правильностью исчисления страховых взносов, полнотой и своевременной
их уплатой.
Взыскание недоимки по страховым взносам и задолженности по пеням и штрафам, в том числе возникшей до 2017 года, также входит в компетенцию ФНС.
Поэтому начните с ИФНС.
ПФР также продолжает вести персучет. После получения сверки с налоговой, будете разбираться с пенсионным.

Возможно при передаче сведений из ПФР в налоговую произошел сбой. Для начала закажите справку о состоянии расчетов по налогам, сборам, пеням, штрафам, процентам. Это как одна из версий.

Всё верно, вновь созданные организации имеют право в течение 30 дней со дня регистрации подать уведомление о переходе на УСН.
В самом уведомлении в сносках есть подсказки - в каком случае какую цифру ставить. При подаче уведомления одновременно с документами на регистрацию ООО в нем ставится цифра 1, а когда вновь созданная организация подаёт, то цифра 2.
В вашем случае есть риск признания документа не должным образом оформленного. Поэтому делать нечего, как кроме того, что подать ещё одно уведомление с цифрой, а через пару недель запросить из налоговой подтверждение права применения упрощённой системы налогообложения.

Изменить целевое назначение земельного участка тоже дело не из лёгких. Должно быть обоснование социальной или экономической целесообразности.

За время, прошедшее с момента получения справок об отсутвии задолженности до момента принятия регистрирующим органом решения о регистрации, налоговая обнаружила задолженность прошлых периодов, другими словами - подтянулись долги. Не сказать, что такое встречается часто, но бывает. Ничего страшного нет.
Получайте справки, оплачивайте выявленную задолженность, снова проходите сверку.

Видимо внутреннее разделение полномочий - МИФНС 46 по г.Москве регистрирует коммерческие, а УФНС некоммерческие организации. Могу это только так объяснить.