Думаю, что прекратят производство по субсидиарке. Данное заявление можно подать отдельно и после прекращения производства по делу о банкротстве.

наоборот, тот кто хочет кого-то привлечь к субсидиарной ответственности

ст. 61.19 ФЗ О несостоятельности
п. 1 1. Если после завершения конкурсного производства или прекращения производства по делу о банкротстве лицу, которое имеет право на подачу заявления о привлечении к субсидиарной ответственности в соответствии с пунктом 3 статьи 61.14 настоящего Федерального закона и требования которого не были удовлетворены в полном объеме, станет известно о наличии оснований для привлечения к субсидиарной ответственности, предусмотренной статьей 61.11 настоящего Федерального закона, оно вправе обратиться в арбитражный суд с иском вне рамок дела о банкротстве.

п. 5 Заявление о привлечении к субсидиарной ответственности по основанию, предусмотренному статьей 61.12 настоящего Федерального закона, поданное после завершения конкурсного производства, прекращения производства по делу о банкротстве в связи с отсутствием средств, достаточных для возмещения судебных расходов на проведение процедур, применяемых в деле о банкротстве, или возврата уполномоченному органу заявления о признании должника банкротом, рассматривается арбитражным судом, ранее рассматривавшим дело о банкротстве и прекратившим производство по нему (вернувшим заявление о признании должника банкротом), по правилам искового производства.