Здесь смысл именно в оптимизации налогообложения и понимании, что выгоднее. Это надо считать и рассматривать отдельно. Обычно УСН выгоднее чем ОСНО, а доходы 6% или расходы –доходы 15% Это надо именно понимать в отдельном случае и считать ваши расходы. Если расходы большие, то может быть имеет смысл перейти на УСН 15% (доходы-расходы).
Но если говорить про бухгалтерский учет в ООО, то отражается каждое движение, в т.ч. учет ГСМ и средств, потраченных на его покупку.