так вроде бы НКО не трогают? Может напутали?

Юридические лица (в том числе некоммерческие организации), обладающие признаками недействующего юридического лица в соответствии с Законом № 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» (Закон № 129-ФЗ), а также имеющие в Едином государственном реестре юридических лиц (ЕГРЮЛ) запись о недостоверности сведений, могут быть исключены из ЕГРЮЛ по решению регистрирующего органа.

Сведения о публикации решения о предстоящем исключении из ЕГРЮЛ возможно просмотреть в открытом доступе на сайте Журнала "Вестник государственной регистрации" , а также на сайте ФНС России, используя сервис Риски бизнеса.

Исключаемые юридические лица, при условии устранения признаков недействующего юридического лица или исправления в ЕГРЮЛ недостоверных сведений, а также кредиторы и иные заинтересованные лица, чьи права и законные интересы затрагиваются в связи с исключением конкретного юридического лица из ЕГРЮЛ, могут представить в регистрирующий орган мотивированное «Возражение заинтересованного лица относительно предстоящей государственной регистрации изменений устава ЮЛ или предстоящего внесения сведений в ЕГРЮЛ» по форме № Р38001 в срок, не позднее, чем три месяца со дня опубликования Решения в Журнале «Вестник государственной регистрации».

Способы направления данного возражения определены пунктом 6 статьи 9 Закона № 129-ФЗ.

При направлении возражения в форме электронного документа, подписанного электронной подписью, с использованием информационно-телекоммуникационных сетей, в том числе сети "Интернет", нотариальное заверение подписи заявителя не требуется.

Если возражение представлено не по форме или отсутствуют документы, подтверждающие обстоятельства возражений, проводить мероприятия, направленные на восстановление юридического лица в статусе «Действующее», регистрирующий орган не вправе.

В случае отсутствия возражений, по истечении трех месяцев с даты публикации решения о предстоящем исключении, регистрирующий орган исключает юридическое лицо из ЕГРЮЛ.

В УФНС нужно подать
Только вот не знаю, есть ли у нотариусов обмен с УФНС. В крайнем случае можно лично или по доверенности подать  

Странно, нотариус сказал, что по Москве обмен только с МИФНС 46.