Вы не сможете вывести из состава учредителей АНО умершего учредителя, это не предусмотрено законом...
Законом предусмотрено, что для того чтобы вывести учредителя из автономной некоммерческой организации, необходимо чтоб выходящий учредитель у нотариуса оформил заявление о выходе, а также заверил подпись в форме Р14001, в которой он является заявителем. Заявителем является только выходящий из АНО учредитель. Документы подаются на регистрацию в УФНС.
Это уже обсуждалось на форуме в какой-то теме.

странно конечно, что умершего вывести нельзя из АНО, а если наследник есть, можно заменить умершего учредителя АНОшки на наследника?
еще проблема в том, что умерший учредитель также является директором организации. Для начала его может быть можно сменить?

Директора АНО поменять вы можете в данной ситуации, умерший учредитель в этом никак не мешает. Какой по уставу у вас высший орган управления АНО?

Как раз это не проблема! Оформляете протокол общего собрания учредителей, указываете общее количество учредителей, перечисляете всех учредителей, а в отношении умершего указываете, что отсутствует в связи со смертью. С таким протоколом вы сможете смену директора АНО провести.