запросы, доверенность и платежка
раньше в УФНС стоял терминал и там можно было оплачивать квитанции, давно не получали дубликаты, поэтому не знаю стоят ли терминалы сейчас, а так квитанцию можно сформировать на сайте налог.ру

смотрите - вот это приказ действующий - Приказ Минюста РФ от 3 августа 2009 г. N 244 "Об утверждении формы свидетельства о государственной регистрации некоммерческой организации", в п. 2 сказано:
2. Департаменту по делам некоммерческих организаций (Милушкин С.Ю.) и территориальным органам Минюста России осуществлять выдачу свидетельства о государственной регистрации некоммерческой организации:
-при утрате некоммерческой организацией свидетельства с представлением актов, справок и других документов, подтверждающих факт утраты свидетельства;

когда я подавала при утере - мы прикладывали справку из полиции, в Вашем случае просто запроса будет маловато, я думаю Минюст и сейчас будет руководствоваться этим приказом и потребует у Вас документ, подтверждающий факт утраты свидетельства, Вы бы позвонили и уточнили, что за акт указан в приказе, возможно Вы сможете без участия третьих лиц его составить и какие ещё иные документы можно приложить, чтобы получить новое свидетельство, а запрос мы писали в свободной форме, с указанием, помимо выдачи нового свидетельства, ещё и причину утери, плюс справку прикладывали и нотариальную доверенность.

госпошлины нет.

просто, когда кража, пожар, авария и др., то здесь всё понятно и необходимо получить документарное подтверждение происшедшего в уполномоченном государственном органе, а, если это банальная халатность?

Вот текст запроса в Минюст

Ассоциация строителей «технологии», (ОГРН, ИНН/КПП / ), в лице директора ....., просит выдать повторно Свидетельство о государственной регистрации Ассоциации строителей «технологии» (Свидетельство о государственной регистрации некоммерческой организации, выданное 04.04.2017 г., учётный номер ......) в связи со случайной порчей оригинала - попаданием оригинала свидетельства в шредер.

Директор АС «технологии»    ____________