Если оба (но это - не в Вашем случае, это если в ЮЛ-учредителе один ЕИО, полномочия которого предоставлены двум лицам) то 3 листа не на учредителей, а на заявителей.

А учредителей - 2.

Устав сегодня посмотрю их.
Про количество листов на учредителей и заявителей понял.

Но я так понимаю, что если у них в ЕГРЮЛ 2 руководителя с разными должностями, значит они действуют независимо друг от друга.
Правильно?

Осталось выяснить про полномочия каждого.
Если в уставе это не указано, а в устав не захотят вносить изменения, то каковы риски того, что нотариус откажется заверять?
А если даже и заверит, то какие риски отказа в регистрации по причине того, что не уполномоченное лицо приняло решение об учреждении Устав то 46 не читает.

Не про регистрацию надо беспокоиться, а про дальнейшую судьбу криворождённого ЮЛ.

Как они потом собрания проводить будут?

Всё же будет оспоримо.

Например, участника на собрании представляло неуполномоченное лицо.