Упразднить такой орган или предоставить полномочия другому лицу?

основной, это тот, который будет единолично руководить деятельностью компании до тех пор, пока не придёт время слиться.
на этот случай будет назначен технический ЕИО - Председатель

Сейчас смена директора ведь происходит в два этапа:
- вводим второе лицо - заявитель действующий,
- выводим первого - заявитель новый директор

при подаче в электронном виде происходит именно так - первый раз когда вводят второго, заявителем выступает действующий директор

Как раньше проходила смена директора? При любом способе подачи (электронной, лично, по доверенности) заявителем выступал новый руководитель.
Сейчас, чтобы сразу в один этап сменить директора, нужно либо документы подать через нотариуса в электронном виде, либо новый директор лично/по доверенности должен сдать их в налоговую.
Не всегда есть возможность сдать документы от нового директора лично. В этом случае идём через схему в 2 этапа (с ЭЦП каждого заявителя):

1. вводим (подаём от действующего директора с его ЭЦП);
   
2. выводим (подаём от нового директора с его с ЭЦП).