Документы на подтверждение нулевой ставки можно предоставить в инспекцию с опозданием (п. п. 1, 9 ст. 165).
Рекомендую, как можно, быстрее начислить и заплатить в бюджет НДС. Кроме налога следует перечислить пени. Возможно Вам будет выставлен штраф за неисполнение обязательств по перечислению налогов в бюджет (ст.122 НК РФ).
Кода необходимые документы по экспортной сделке будут в установленном порядке предоставлены, инспекция обязана вернуть НДС либо зачесть в счет будущих платежей