Всё течёт, всё меняется. Возможно раньше Акт приёма-передачи имущества с отметкой Росреестр и выдавал. В выписке из ЕГРН этот документ должен быть указан как документ-основание. Для налоговой этого достаточно должно быть.

Alba, ежемесячная оплата 3-5тыс в месяц? я правильно понял? Если так, то ваши цены не очень то и отличаются от цен на юридические адреса Московского региона.

Препятствуют миграции с целью не допускать ухода от уплаты налогов.

Да, уплату госпошлины при подаче документов через МФЦ отменили. Если документы на регистрацию подавали в Москве, то нужно писать заявление в канцелярию МИФНС 46 по городу Москве на возврат и укажите обстоятельства. Если сохранился скан или фото оплаченной квитанции, то приложите его копию. В письме укажите банковские реквизиты плательщика от чьего имени производился платеж и просите вернуть ошибочно уплаченную госпошлину.

Примеров на практике не было, поэтому только предположение.
Основываюсь на датах исключения по решению налоговой и дате постановления суда о признании записи об исключении компании из ЕГРЮЛ недействительной.
То есть, компания перестала существовать не по своей инициативе, хоть и нарушила обязанность по сдаче регламентированной отчетности. Восстановление статуса действующего юридического лица произошло по постановлению суда. Здесь считаю просто не логично платить штрафы. Но для правильного ведения бухгалтерского и налогового учета отчёты необходимо сдать.
Считаю требования об оплате штрафов незаконным в данном случае.

Если даже и так, то наверняка у налоговиков есть технические возможности обходить эти требования системы об оплате штрафа за несвоевременную сдачу отчетности.

Полагаю, что в случае восстановления компании в реестре, налоговая может попытаться восстановить списанные долги, т.е. будет действовать по аналогии с вашими действиями.
Думаю отчетность нужно будет сдать. По поводу штрафов за несданные отчеты за те периоды, пока компания была исключена из ЕГРЮЛ, сказать не могу. Но думаю, что не нужно будет платить. Это моё мнение.  

Компании ведь нет, соответсвенно и должностных лиц не существует. Поэтому ответсвенность за незаконное предпринимательство лежит на физическом лице. С него и спрос.  

Видимо налоговики научились считать не только деньги налогоплательщиков, но и свои.
Может они сравнили размер задолженности компании, которую планировали взыскать, с судебными издержками и приняли к сведению вероятность получения денег по иску. Вот и решили, что проще признать безнадёжной к взысканию и списать, чем тратиться. В отместку для участника ввели ограничение на 3 года.

Незаконное предпринимательство это не последствия, а следствие. А вот последствиями незаконного предпринимательства может быть привлечение физического лица к административной или уголовной ответственности.
Согласно ст. 14.1 КоАП РФ ведение предпринимательской деятельности без регистрации физического лица в качестве индивидуального предпринимателя или без государственной регистрации юридического лица влечет наложение административного штрафа в размере от 500 до 2 000 руб.
К тому же УК РФ предусматривает уголовную ответственность за незаконное предпринимательство ст. 171., и за уклонение от уплаты налогов ст. 198. Здесь и штрафы покрупнее, и исправительные работы, либо арест.