Разве Управляющая организация уполномочена быть заявителем гос органом или актом органа местного самоуправления?
я бы 1 ставил

или их количество?

Выходит.
но если несколько участников, то с ними должен согласовать свою зарплату?

Коммерческая организация цифрами оперирует самостоятельно - им законы не нужны. Лимит остатков в кассе устанавливается в соответствии с указаниями ЦБ, а зарплату сами решают какую выплачивать.

но как правило в решении о назначении руководителя ограничиваются только этой фразой и датой и никаких цифер-гонорара )

вот что К+ говорит

При приеме на работу директора есть несколько особенностей.
1. Нужно решение общего собрания участников, совета директоров или единственного участника. Этот документ - основание приема на работу (ст. 39, п. 1 ст. 40 Закона N 14-ФЗ).
2. Трудовой договор с директором от имени ООО подписывает председатель общего собрания участников, совета директоров либо единственный участник ООО, даже если он назначил директором себя. Если в уставе или решении о назначении директора срока трудового договора нет, оформляйте договор на неопределенный срок (ст. ст. 58, 275 ТК РФ).
3. В приказе о приеме на работу директор расписывается и как работник, и как руководитель организации (ст. 68 ТК РФ). Наряду с приказом о приеме на работу можно оформить приказ о вступлении в должность (Письмо Роструда от 22.09.2010 N 2894-6-1).

Исходя из этого фактурой занимается общее собрание участников, совет директоров или единственный участник.

Где то мне попадалось что при учреждении договор с руководителем заключают учредители

Никогда не задавался этим вопросом )

в 14 ФЗ (п. 1 абз 2) указано следующее
Договор между обществом и лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества, подписывается от имени общества лицом, председательствовавшим на общем собрании участников общества, на котором избрано лицо, осуществляющее функции единоличного исполнительного органа общества, или участником общества, уполномоченным решением общего собрания участников общества, либо, если решение этих вопросов отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества, председателем совета директоров (наблюдательного совета) общества или лицом, уполномоченным решением совета директоров (наблюдательного совета) общества.

Ой уже ответили

Ну и пусть шаманят, в решении пусть указывают, что утвердить новую редакцию устава. И будет простор для шаманства.

Погодите. А при регистрации в качестве ИП физик ведь может через МФЦ подать документы?