Случай порчи имущества является поводом для внеплановой инвентаризации.

Нужно провести служебное расследование, составить акт о порче имущества. Получить от сотрудника объяснение. Оцените и докажите ущерб.
Если откажется платить, подавайте в суд.

В УФНС нужно подать
Только вот не знаю, есть ли у нотариусов обмен с УФНС. В крайнем случае можно лично или по доверенности подать  

Не вижу препятствий.
В одной форме все изменения можно указать.

Если я не ошибаюсь, то исходя из нижесказанного можно сделать вывод, что составляется в единственном экземпляре для передающей стороны.

ст 168 НК РФ
3. При реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, а также при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав выставляются соответствующие счета-фактуры не позднее пяти календарных дней, считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг), со дня передачи имущественных прав или со дня получения сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.


ст 169 НК РФ
3. Налогоплательщик (в том числе являющийся налоговым агентом) обязан составить счет-фактуру, вести книги покупок и книги продаж:

1) при совершении операций, признаваемых объектом налогообложения в соответствии с настоящей главой (за исключением операций, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) в соответствии со статьей 149 настоящего Кодекса, если иное не предусмотрено подпунктом 1.1 настоящего пункта). При совершении операций по реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, за исключением операций по реализации товаров, подлежащих прослеживаемости, лицам, не являющимся налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, и налогоплательщикам, освобожденным от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, по письменному согласию сторон сделки счета-фактуры не составляются;

Зачем его же? ТС писал, что планируется смена руководителя.

А кто был первый?

Не было такого. Считаю, что можно пойти по пути наименьшего сопротивления - прекратить полномочия того, кто задвоился, подав 2 листа на прекращение.

Подайте форму с двумя листами на прекращение полномочий.

Скорее так
- если учредителей несколько, то высшим коллегиальным органом может быть общее собрание учредителей или Совет/ Президиум.