продайте имущество до ликвидации АНО

подача по ЭЦП в Минюст - всегда сложность, сами спецы Минюста не любят подачи по ЭЦП, но не это главная проблема, чаще всего программа в Минюсте не работает и не могут выгрузить документы, поданные по ЭЦП, сроки соответственно затягиваются. И еще одна проблема, если в документах будут допущены некие ошибки, которые можно исправить при обычной подаче, то при подаче по ЭЦП никто не даст возможности исправить документы и сразу напишет отказ!

ликвидировать то ликвидироуют компанию, регорган не узнает о возврате денежных средств на р/с, ну и как бы это не является ведь основанием для отказа... это ведь не кредиторка)
но теоретически с нулевым балансом без дебиторки не сможете снять деньги со счета после ликвидации... хотя кто-то писал в другой теме, что снимали с таким балансом

доля компании банкрота будет реализовываться через торги, можете её выкупить

на ИП никакие ограничения не ложатся, работайте

Точный порядок цифр по штрафу не помню, но примерно от 700 тысяч... если не найдёте, то напишите, я посмотрю точные цифры.
срок по первичному выпуску акций 1 месяц, но сколько времени ещё займёт приведение всех документов в надлежащий вид сложно сказать, нужно посмотреть документы  

Для всех форм организаций процедура регистрации товарного знака одинакова.
кроме того некоммерческая организация может использовать в своей деятельности эмблему

скорее всего не уставные документы имеете ввиду, а учредительные документы НКО. Учредительным документом общественной организации является устав, он хранится в УФНС, но так же в Минюсте в архиве,

при исправлении ошибки в ЕГРЮЛ  госпошлина не взымается

если сумма переплаты небольшая, не вижу смысла ждать. Если сумма существенная, то ждите возврат, потом ликвидируйте компанию.