Добрый день. В соответствии с п. 1 ст. 75 НК РФ пеней признается установленная настоящей статьей денежная сумма, которую налогоплательщик должен выплатить в случае уплаты причитающихся сумм налогов или сборов, в том числе налогов, уплачиваемых в связи с перемещением товаров через таможенную границу Таможенного союза, в более поздние по сравнению с установленными законодательством о налогах и сборах сроки.

Пени начисляются только на не своевременно уплаченный налог.