Пришлось изучить вопрос о получении Разрешения на использовании в названии НКО наименования Россия.
Вот чем руководствуемся.

Перечень организаций, которые могут использовать в своем наименовании слова "Россия" без получения разрешения, установлен в п.5 ст. 4 ФЗ №7 «Об НКО»:
1) централизованные религиозные организации, действующие на территории РФ на протяжении не менее 50 лет;
2) НКО, созданные на основании федеральных законов, а также в соответствии с актами Президента, Правительства РФ;
3) общероссийские общественные объединения;
4) структурные подразделения общероссийских общественных объединений в случае использования в их наименованиях полного наименования общественного объединения;
5) НКО единственным учредителем которых является юр лицо, созданное на основании актов Президента, Правительства, или юр лицо, которое в соответствии с полученным разрешением использует в своем наименовании слова "Россия", в случае использования в наименованиях НКО полного наименования учредившего их юридического лица;
6) общероссийские и общероссийские отраслевые (межотраслевые) объединения работодателей.

Иные НКО должны получать разрешения.
В соответствии со ст.4 п.4 ФЗ №7 "Об НКО" включение в фирменное наименование юр лица официального наименования Российская Федерация или Россия, а также слов, производных от этого наименования, допускается по разрешению, выдаваемому в порядке, установленном Правительством РФ.

Согласно Постановлению Правительства РФ от 24.09.2010 N 753 "Об утверждении Правил выдачи разрешения на включение в наименование НКО наименования "Российская Федерация" или "Россия", а также слов, производных от этого наименования" выдается Министерством юстиции РФ в случаях соответствия требованиям:
1) НКО осуществляет не менее 3-х лет деятельность, направленную на реализацию основ конституционного строя РФ и развитие национальных, исторических и культурных традиций, и имеет структурные подразделения на территории 1/3 субъектов РФ;
2) НКО осуществляет не менее 3-х лет деятельность, направленную на реализацию основ конституционного строя РФ и развитие национальных, исторических и культурных традиций, является членом международных организаций;
3) НКО оказывает не менее 3-х лет уникальные общественно полезные услуги;
4) учредителем НКО является гос компания с долей участия более 50% и деятельность НКО направлена на реализацию основ конституционного строя РФ и развитие национальных, исторических и культурных традиций.

В Минюст РФ подаются следующие документы:
1) заявление о выдаче разрешения;
2) нотариально заверенные копии учредительных документов;
3) решение высшего органа НКО об обращении в Минюст РФ с заявлением о выдаче разрешения;
4) пояснительная записка с информацией о соответствии деятельности НКО требованиям и документы, подтверждающие эту информацию.

Минюст РФ совместно с Министерствами труда, культуры, финансов, здравоохранения, труда и соцзащиты, науки, просвещения, экономического развития, антимонопольной службы создают Межведомственный экспертный совет по вопросу включения в наименование НКО слова "Россия" и образованных на их основе слов.

Минюст РФ в течение 4 месяцев издает Распоряжение о выдаче (отказе в выдаче) разрешения.
После получения разрешения можно вносить изменения в учредительные документы НКО.

Госпошлина за право использования наименований "Россия" в наименованиях юридических лиц - 80 000 рублей (пп.71 п.1 ст.333.33 НК РФ).