В АНО 2 учредителя:
1-й - живой, он же руководитель
2-й умер

Как вывести умершего учредителя из состава учредителей?

Нельзя. В законе (абз.1, п. 3, ст.15, 7-ФЗ "О НКО") указано, что учредитель вправе выйти из организации, направив сведения о своем выходе в регистрирующий орган. На основании этого положения в законе вывести умершего учредителя из организации возможно пытаться только через суд.

абз.1, п. 3, ст.15, 7-ФЗ "О НКО"
Если иное не предусмотрено федеральным законом, учредители (участники) некоммерческих корпораций, учредители фондов и автономных некоммерческих организаций вправе выйти из состава учредителей и (или) участников указанных юридических лиц в любое время без согласия остальных учредителей и (или) участников, направив в соответствии с Федеральным законом "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" сведения о своем выходе в регистрирующий орган.

это такая практика сложилась?

есть номер хотя бы одного такого дела?

А вот есть ли гарантии, что через суд получиться добиться исключения учредителя?