по Регламенту Минюста им можно подать в электронном виде, на практике мои клиенты не подавали
а вот некоммерческие кооперативы и товарищества в налоговую подаем, это же тоже НКО

если кто-то из клиентов будет готов подать электронно, то я непременно выясню этот вопрос в Минюсте, а пока такая задача не стоит

нет, в Минюст протокол подавать не нужно, данный документ пусть хранится в архиве организации

Видимо, тот кто писал изменения в 7-фз по этому поводу не особо был разборчив в понятиях ))
В 15 статье фраза звучит так:
"Если иное не предусмотрено федеральным законом, учредители (участники) некоммерческих корпораций, учредители фондов и автономных некоммерческих организаций вправе выйти из состава учредителей и (или) участников указанных юридических лиц в любое время без согласия остальных учредителей и (или) участников, направив в соответствии с Федеральным законом "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" сведения о своем выходе в РЕГИСТИРУЮЩИЙ ОРГАН."
А поскольку регистрирующий орган у нас налоговая, а не МинЮст (орган, принимающий решение), то собственно поэтому документы по этим регистрационным действиям не несут в Министерство юстиции.