Решение как правило оформляется не от главы филиала на внесение изменений, а от самой иностранной организации.
Глава представительства только подписывает заявление о внесении изменений в сведения, содержащиеся в государственном реестре аккредитованных филиалов, представительств иностранных юридических лиц, по форме N 15ИФП.

Да, конечно, решение оформляется от головной организации и указываете новое наименование головной организации и в решении укажете, что в связи со сменой наименования организации меняется наименование филиала.
Заявление подписывает новый глава филиала.
И не забудьте приложить документы, подтверждающие смену наименования головной организации.