Протокол общего собрания подписывает председательствующий и секретарь (п. 3 ст. 181.2 ГК РФ).
Но составляется протокол общего собрания участников исполнительным органом ООО, а в случае его отсутствия на собрании - председательствующим (п. 6 ст. 37 Закона об ООО).
В данном случае логично, если протокол составляется исполнительным органом, то на сшивке подпись должна быть именно его, а если протокол составляет председательствующий на собрании, то распишется на сшивке протокола именно он...

для 46 не обязательно, но хранить документы в Обществе нужно, в том числе и протоколы, соответственно они должны быть оформлены в надлежащем виде.
а если документ состоит из двух и более листов, то он должен быть прошит в правильном виде