пишут что 46-ая пропускает внесение второго директора от текущего, который есть в ЕГРЮЛ

Как правило, эта схема работы через выпуск ЭЦП на обоих руководителей. Серые кардиналы по рекрутированию зиц-председателей столкнутся со сложностями - не все заказчики готовы будут предоставить свои данный для того, чтобы на их имя выпускали ЭЦП и совершали от их имени но без их участия какие-либо действия, даже если эти действия как бы будут совершаться в их интересах

Может имеется ввиду, что если нужно быстро сменить директора в ООО, то можно обойтись и без изменения устава. 46 налоговая в отличие от Минюста ведь не будет проверять действующую редакцию устава на наличие в нём положения о двух директорах.
А так получится, что ввели и сразу вывели и как будто ничего небыло, опять один директор 😁

А вы считаете, что смены директоров, которые проводятся с использованием ЭЦП, выпущенных на новых директоров, законны? Я уверен, что по большей части эти люди даже не предполагают, что они становятся руководителями компаний. И никто не оспаривает и не отменяет эти регистрационные действия.