согласна, необходимо понимать какая организационно-правовая форма, например, в общественных объединениях, религиозных организациях или партиях учредителями могут быть только физ. лица

потребительский кооператив здесь вообще ни к чему, кооперативы иные функции осуществляют
согласна с Эсквайр  - либо АНО либо общественная организация

это не НКО!!!
Можете только открыть центр по развитию косметологии...

Добрый день, ознакомьтесь со ст. 32 ФЗ-7.0
Проверки возможны и со стороны Минюста, т.к. он уполномоченный орган по регистрации НКО, и со стороны налоговой (куда отчитываетесь по налогам).

4.1. Контроль за соблюдением некоммерческими организациями требований законодательства Российской Федерации и целей, предусмотренных их учредительными документами, осуществляется при проведении федерального государственного надзора за деятельностью некоммерческих организаций.

К отношениям, связанным с осуществлением федерального государственного надзора за деятельностью некоммерческих организаций, организацией и проведением проверок некоммерческих организаций, применяются положения N 294-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля".

4.2. Основанием для проведения внеплановой проверки некоммерческой организации является:

1) истечение срока устранения нарушения, содержащегося в предупреждении, ранее вынесенном некоммерческой организации уполномоченным органом или его территориальным органом;

2) поступление в уполномоченный орган или его территориальный орган информации от государственных органов, органов местного самоуправления о нарушении некоммерческой организацией законодательства Российской Федерации в сфере ее деятельности и (или) о наличии в ее деятельности признаков экстремизма;

3) наличие приказа (распоряжения) руководителя уполномоченного органа или его территориального органа, изданного в соответствии с поручением Президента Российской Федерации или Правительства Российской Федерации либо на основании требования прокурора о проведении внеплановой проверки в рамках надзора за исполнением законов по поступившим в органы прокуратуры материалам и обращениям;

4) поступление в уполномоченный орган или его территориальный орган информации от государственных органов, органов местного самоуправления, граждан или организаций об осуществлении некоммерческой организацией деятельности в качестве некоммерческой организации, выполняющей функции иностранного агента, которая не подала заявление о включении ее в предусмотренный п. 10 ст. 13.1 Федерального закона реестр некоммерческих организаций, выполняющих функции иностранного агента;

5) поступление в уполномоченный орган заявления от некоммерческой организации, включенной в реестр некоммерческих организаций, выполняющих функции иностранного агента, об исключении этой некоммерческой организации из указанного реестра в связи с прекращением ею деятельности в качестве некоммерческой организации, выполняющей функции иностранного агента.

Организация действует на основании устава, соответственно, если высший орган управления общее собрания учредителей, то оформляется протокол общего собрания учредителей, где присутствует один учредитель и он же председатель и секретарь.
Понимаю, что не логично, но других вариантов нет.

к сожалению, да!
т.к. вопрос выхода/приема учредителей осуществляется разными уполномоченными органами, то осуществить рег. действия в один этап не получиться.
с 3 этапом можете в Минюст позже обратиться, не горит и сроков законодательных нет,
либо, чтобы не менять высший орган управления принять ещё одно лицо, но это тоже снова через Минюст.

плюс в УФНС подаете заявление в свободной форме о выходе учредителя в 2 экз., на 2 экз. Вам налоговая поставит отметку о принятии и с этим заявлением через 7 дней получаете выписку и лист записи в ЕГРЮЛ.

Также, хочу обратить внимание, что при принятии нового учредителя, у  Вас поменяется высший орган управления - с учредителя на общее собрания учредителей.
После выхода учредителя через УФНС необходимо снова подавать документы в Минюст, т.к. в организации останется один учредитель и соответственно поменяется высший орган управления - с общего собрания учредителей на учредитель.

Посмотреть по уставу какой орган решает вопрос избрания нового руководителя (либо общее собрание членов, либо постоянно действующий коллегиальный орган)
1. провести собрание уполномоченного органа, где необходимо освободить от полномочий действующего председателя с указанием причины и избрать нового
2. заполнить форму Р14001 с приложением на действующего председателя (ставите цифру на прекращение полномочий), на нового председателя  и на заявителя.
Заявителем является новый председатель и он пойдет к нотариусу.
В Минюст подать:
1. форму Р14001 в 2 экз. - 1 экз. нотариальный, 1 просто подписанный заявителем
2. протокол уполномоченного органа - 2 экз.
3. копия устава - заверенная заявителем
4. копия свидетельства о смерти
Документы в Минюст необходимо подать в трехдневный срок с момента принятия решения уполномоченным органом.