сразу нельзя, нет, Минюст РФ не зависит от решения территориальных органов и принимает свое решение строго в соответствии с законом, просто важно понимать стоить ли дело выеденного яйца, и, если стоит, то очень грамотно жалобу написать, как показывает практика грамотно составленная жалоба очень сильно влияет на решение Минюста

только скобки уберите из названия и проверьте в ЕГРЮЛ на схожесть - нет ли ранее зарегистрированного союза с таким или близко схожим названием

регистрировать ассоциацию, это членская организация, соответственно, все члены равны и никому ведущую роль передать нельзя, даже, если финансирование осуществляется каким-то одним членом.
другой формы, которая подходила бы под Ваши цели в сфере НКО нет.

Минюст оставляет себе госпошлину, один экз. не нотариального заявления, один экз. устава и один экз. протокола (или решения), остальное возвращает.

Минюст такую форму не принимает, Вам необходимо в Минюст написать официальное письмо с изложением всей ситуации, на данное письмо Минюст напишет официальный ответ и у меня было по практике, что Минюст отправлял запрос в налоговую и уже они без нашего участия сами между собой взаимодействовали и принимали решение. УФНС же тоже не принимает такие формы и вообще не принимает никакие письма по НКО (кроме выхода учредителей). УФНС будет ждать от Минюста решение и далее уже на основании решения Минюста принимать решение. Лично общалась с начальником отдела регистрации УФНС, когда у меня была похожая ситуация.

правильно
конечно

+в протоколе отразите изменения п/данных

в соот. с административным регламентом Минюста РФ  о гос. регистрации НКО необходимо вначале использовать досудебный порядок обжалования отказа в гос. регистрации и подать жалобу в департамент Минюста РФ по адресу - ул. Житная, д. 14. Срок рассмотрения жалобы месяц, если Минюст РФ откажет, то тогда уже обращайтесь в суд.  Исковое заявление подается в суд общей юрисдикции.

В соответствии со статьей 143 НК РФ НКО относятся к плательщикам НДС. НКО обязаны представлять в налоговые органы декларации по НДС даже при отсутствии объекта налогообложения (п. 5 ст. 174 НК РФ), а также составлять счета-фактуры, вести журналы учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж.
Отчетность НКО несколько отличается от отчетности, которую должны сдавать коммерческие предприятия. НКО могут быть и на общей системе и на УСН. Отдельно НКО до 15 апреля один раз в год должны сдавать специальную отчетность в Минюст РФ.

разницы никакой, указывайте как считаете нужным, в ФЗ-7 ст. 13.1. указано, что подается 3) решение о создании некоммерческой организации и об утверждении ее учредительных документов с указанием состава избранных (назначенных) органов в двух экземплярах;

т.к. НКО действует в рамках действующей редакции устава, то старая Вам не нужна, поэтому и сдают, можете себе копию оставить, если уж хочется