добрый день.
истец может подать иск в арбитраж, игнорируя наличие третейской оговорки.
в том случае. если суд примет заявление к производству и со стороны ответчика не поступит возражений по подсудности, спор может быть рассмотрен в арбитраже.
если при рассмотрении спора (при подготовке отзыва) ответчик укажет на нарушение правил о подсудности, суд вынесет соответствующее определение и прекратит рассмотрение спора.

как правило, при наличии прописанной в договоре подсудности, арбитраж не принимает документы к производству.