В принципе ни чего страшного и смертельного в возмещении конечно нет. Все зависит от того насколько безупречны ваши поставщики, и предоставление ими счет-фактур, с которых вы планируете возмещение.
Если бы у вас был импорт, то тогда бы я сказала, что возмещение обязательно, а в вашем случае если вы планируете работать, то у вас в будущем будет НДС к уплате, поэтому я бы на вашем месте возмещать не стала, чтобы не тратить понапрасну нервы и время, а оставила бы для дальнейших выплат.