Я бы сказала, что логика не понятна... в чем скрытый смысл? Заработную плату учитывать, как прямые расходы, а страховые взносы как косвенные, зачем?

Да, это просто более безопасно, однотипные расходы, учитывать по единым правилам. При чем правила должны быть экономически обоснованы и прописаны в учетной политике компании.