Добрый день.
Мое мнение, что договорные санкции провинившаяся сторона вправе учесть во внереализационных расходах при расчете налога на прибыль. - подп. 13 п. 1 ст. 26 НК РФ

Не должно возникнуть нареканий ИФНС с признанием следующих видов штрафов:
[*]штраф или пени за нарушение условий договора (ненадлежащее исполнение договорных обязательств), если их уплата предусмотрена договором, допустим за несвоевременную поставку товара, несоблюдение графика работ (оказания услуг) и т. п. - Письмо Минфина России от 09.07.2015 N 03-03-06/1/39629
[*]пени за просрочку оплаты товаров (работ, услуг), возврата займа - Письмо Минфина РФ от 08.04.2009 N 03-03-06/1/227
[*]штрафы или пени, предусмотренные за невыполнение условий госконтракта - Письмо Минфина России от 09.07.2015 N 03-03-06/1/39607