лучше, начиная с 2006 года, сдать всю отчетность в Минюст (либо в эл. виде, но ввиду того, что организация не значится в реестре, то могут возникнуть сложности, тогда подайте на бумажном носителе и сдайте в канцелярию), после этого можно спокойно подавать документы на изменения и Вас точно не завернут
при получении зарегистрированных документов Минюст выдаст Вам новое свидетельство
я сталкивалась с такой же ситуацией и организация отказалась сдавать отчетность, в итоге под их ответственность подавала документы на регистрацию изменения и всё прошло успешно, но это риски, решайте сами

с 2006 года постановлением Правительства Российской Федерации от 15.04.2006 № 212 «О мерах по реализации отдельных положений федеральных законов, регулирующих деятельность некоммерческих организаций» введен порядок и сроки сдачи отчетности в Минюст
отчетность можно отправить почтой в территориальный орган Минюста с описью вложения - датой представления некоммерческой организацией указанных документов считается дата отправки почтового отправления с описью вложения, если документы представлены в виде почтового отправления с описью вложения.
Уполномоченный орган (его территориальный орган) не вправе отказать в принятии указанных документов и в случае их непосредственного представления некоммерческой организацией обязан выдать расписку с отметкой об их получении.
Если в Москве зарегистрирована организация, то отправляете по адресу - г. Москва, ул. Кржижановского, д. 13, корп. 1  

В случае непредставления в установленный срок ежегодной отчетности (до 15 апреля года, следующего за отчетным)  – по ст. 19.7. КоАП РФ (влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц - от 300 до 500 рублей; на юридических лиц - от 3000 до 5000 рублей).
Но вообще сразу не штрафуют или ликвидируют, а выносят предупреждение об устранении нарушений действующего законодательства, которое направляется по адресу ее руководящего органа и месту жительства руководителя НКО. В предупреждении устанавливается срок (не менее месяца), в течение которого НКО должна устранить выявленные нарушения и представить в Минюст соответствующие документы.

Я не писала в месячный срок, я указала - не менее месяца, по практике могу сказать, что чаще всего Минюст дает три месяца на устранения нарушений.
Если срок устранения нарушения подходит к концу, а нам надо исправить, например, устав и мы понимаем, что никак не укладываемся вовремя, то можно Минюсту пока отправить расписку о подаче документов на изменения с сопроводительным письмом с указанием причины почему затянули и этого Минюсту будет вполне достаточно. Когда уже получите устав с изменениями, то спокойно отчитаетесь Минюсту.