Я считаю, что нужно.
Договор пожертвования это один из типов дарственного соглашения, поэтому смотрим ГК:
ст. 582 - 1. Пожертвованием признается дарение вещи или права в общеполезных целях.
ст. 574 - 2. Договор дарения движимого имущества должен быть совершен в письменной форме в случаях, когда:дарителем является юридическое лицо и стоимость дара превышает три тысячи рублей;
Тем более, письменное соглашение необходимо для определения целевого назначения и в качестве контроля за целевым использованием средств, поэтому договор даже больше не Вам нужен, а дарителю.
Юридическое лицо, принимающее пожертвование, для использования которого установлено определенное назначение, должно вести обособленный учет всех операций по использованию пожертвованного имущества.