здесь логика ни при чем, есть документ - Приказ Министерства юстиции Российской Федерации (Минюст России) от 12 ноября 2010 г. N 343 г. Москва "О порядке взаимодействия Министерства юстиции Российской Федерации с Федеральной налоговой службой по вопросам государственной регистрации некоммерческих организаций", который уполномочил УФНС России выступать регистрирующим органом  - 3. Внесение в Единый государственный реестр юридических лиц (далее - государственный реестр) сведений о создании, реорганизации и ликвидации указанных в п. 2 настоящего Порядка организаций, а также иных предусмотренных федеральными законами сведений о них осуществляется управлениями ФНС России по субъектам Российской Федерации или по согласованию с ФНС России инспекциями ФНС России, находящимися в подчинении управлений ФНС России по субъектам Российской Федерации (далее - налоговые органы).

Не совсем понятно. Почему не применяются, раз ГК их относит к не коммерческим организациям?

Юридические лица, являющиеся некоммерческими организациями, могут создаваться в организационно-правовых формах:
1) потребительских кооперативов, к которым относятся в том числе жилищные, жилищно-строительные и гаражные кооперативы, общества взаимного страхования, кредитные кооперативы, фонды проката, сельскохозяйственные потребительские кооперативы;

также можно добавить, что деятельность кооперативов регулируется специальными законами, которые учитывают их особенность

так что для меня всё логично)))

Не спорю. Имея такой опыт работы с НКО как у Вас, наверняка все процедуры будут казаться логичными.
Когда с некоммерческими организациями не приходится вообще иметь дел, только понаслышке, то некоторые действия кажутся странными. Возникает желание узнать, почему порядок устроен именно таким образом.