может и не обязательно этот факт отражать в уставе

Ну и правильно...
Согласно действующему законодательству НКО вправе самостоятельно выбирать тот или иной способ осуществления деятельности, в том числе структуру органов управления. Руководитель НКО может выполнять свои обязанности на общественных началах без оплаты труда. Для документального оформления в протоколе об избрании руководителя необходимо указать, что руководитель НКО будет исполнять обязанности на общественных началах, без заработной платы. В случае необходимости, можно в уставе предусмотреть, что руководитель исполняет обязанности на общественных началах. Если говорить о последствиях, то минусом можно считать, что у руководителя НКО не будет учитываться трудовой стаж, соответственно будет отсутствовать и социальный пакет.

ну конечно, иначе необходимо заключать с ним трудовой договор, а это обязательно выплата з/п и всех налогов...