Добрый день, ознакомьтесь со ст. 32 ФЗ-7.0
Проверки возможны и со стороны Минюста, т.к. он уполномоченный орган по регистрации НКО, и со стороны налоговой (куда отчитываетесь по налогам).

4.1. Контроль за соблюдением некоммерческими организациями требований законодательства Российской Федерации и целей, предусмотренных их учредительными документами, осуществляется при проведении федерального государственного надзора за деятельностью некоммерческих организаций.

К отношениям, связанным с осуществлением федерального государственного надзора за деятельностью некоммерческих организаций, организацией и проведением проверок некоммерческих организаций, применяются положения N 294-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля".

4.2. Основанием для проведения внеплановой проверки некоммерческой организации является:

1) истечение срока устранения нарушения, содержащегося в предупреждении, ранее вынесенном некоммерческой организации уполномоченным органом или его территориальным органом;

2) поступление в уполномоченный орган или его территориальный орган информации от государственных органов, органов местного самоуправления о нарушении некоммерческой организацией законодательства Российской Федерации в сфере ее деятельности и (или) о наличии в ее деятельности признаков экстремизма;

3) наличие приказа (распоряжения) руководителя уполномоченного органа или его территориального органа, изданного в соответствии с поручением Президента Российской Федерации или Правительства Российской Федерации либо на основании требования прокурора о проведении внеплановой проверки в рамках надзора за исполнением законов по поступившим в органы прокуратуры материалам и обращениям;

4) поступление в уполномоченный орган или его территориальный орган информации от государственных органов, органов местного самоуправления, граждан или организаций об осуществлении некоммерческой организацией деятельности в качестве некоммерческой организации, выполняющей функции иностранного агента, которая не подала заявление о включении ее в предусмотренный п. 10 ст. 13.1 Федерального закона реестр некоммерческих организаций, выполняющих функции иностранного агента;

5) поступление в уполномоченный орган заявления от некоммерческой организации, включенной в реестр некоммерческих организаций, выполняющих функции иностранного агента, об исключении этой некоммерческой организации из указанного реестра в связи с прекращением ею деятельности в качестве некоммерческой организации, выполняющей функции иностранного агента.

зависит от деятельности, получает ли АНО денежные средства от иностранных источников, сдается ли регулярно отчетность в налоговую и в Минюст и т.д.
но по практике к НКО менее пристальное внимание, т.к. деятельности направлена на некоммерческий характер, в отличие от ООО

Есть ли какой регламент у Минюста по проверкам, чтобы ознакомится заранее и быть готовым, если что?