Посмотреть по уставу какой орган решает вопрос избрания нового руководителя (либо общее собрание членов, либо постоянно действующий коллегиальный орган)
1. провести собрание уполномоченного органа, где необходимо освободить от полномочий действующего председателя с указанием причины и избрать нового
2. заполнить форму Р14001 с приложением на действующего председателя (ставите цифру на прекращение полномочий), на нового председателя  и на заявителя.
Заявителем является новый председатель и он пойдет к нотариусу.
В Минюст подать:
1. форму Р14001 в 2 экз. - 1 экз. нотариальный, 1 просто подписанный заявителем
2. протокол уполномоченного органа - 2 экз.
3. копия устава - заверенная заявителем
4. копия свидетельства о смерти
Документы в Минюст необходимо подать в трехдневный срок с момента принятия решения уполномоченным органом.

вы не можете освободить от должности бывшего руководителя общественной организации текущей датой, так как вы в протоколе указываете, что смена происходит в связи со смертью руководителя и прикладываете свидетельство о смерти...

Я думаю, какую бы дату Вы не поставили, лучше не будет, изначально есть нарушение, очень затянули, но я бы рискнула и поставила текущую дату. И с соблюдением трехдневного срока с момента принятия решения подала бы документы в Минюст (иначе может быть штраф 5000 рублей).
Я думаю, Минюст будет даже не на дату смотреть, а на грамотность оформленных документов, если документы, тот же протокол, будет оформлен правильно, если не к чему будет придраться, то всё Вам зарегистрируют. Если самостоятельно сомневаетесь в правильности подготовленных документов, то лучше обратиться к специалисту в области НКО и работе с Минюстом. Их опыт и налаженные контакты позволят быстрее и без отказа зарегистрировать такие изменения.
Либо пробуйте самостоятельно, расходов больших здесь нет, при отказе исправите свои недочеты и заново подадите, потеряете только время.