В Ассоциации учредители после гос. регистрации автоматически становятся членами и выход/прием членов осуществляется внутренним решением организации. Можно, конечно, подать документы в УФНС о выходе учредителя, если он не хочет фигурировать в ЕГРЮЛ, но нет такой обязанности.
А так члену необходимо подать заявление на имя руководителя (или смотрите по уставу на чье имя подается заявление) о выходе, плюс необходимо собрать общее собрание членов и исключить члена по его желанию. Ассоциации должны вести реестр членов, на основании решения общего собрания членов необходимо оформить новый реестр членов. В ассоциации минимальное количество членов -2, если при выходе остается один член, то необходимо обязательно принять нового члена - опять же смотрим по уставу кто это у Вас физ. лица или юридические или и те и другие, для этого можно на том же собрании членов решить вопрос о выходе и приеме нового члена.
Всё.
Минюст не отслеживает членов, поэтому туда мы ничего не подаем.

В действующей ассоциации в выписке обнаружили ошибку в индексе, так оставлять не хотим, что делать?

я бы подала как изменения -  форму 14001 и протокол об изменениях индекса, можно к документам приложить копию договора об адресе, если там указан индекс

а разве индекс не автоматически подтягивается при сканировании формы?