День добрый!
Руководителя ООО Вы назначаете на собрании акционеров, на котором рассматривается вопрос о реорганизации в форме преобразования.
И в заявлении по форме 12001 сразу указываете информацию о руководителе ООО, но заявителем по форме 12001 является руководитель реорганизуемого АО.
Если действующий руководитель АО по какой-то причине не готов пойти к нотариусу для заверения заявления по форме 12001 о гос. регистрации общества, создаваемого при реорганизации, то Вы сначала меняете руководителя АО по форме 14001 и потом уже подаете заявление по форме 12001 (заявитель - руководитель реорганизуемого АО)