наверняка, должна

ну да, отказ
только формулировка не понятная - среди представленных для государственной регистрации документов отсутствует:
Договор о присоединении, соответствующий п.3.1 ст. 53 Федерального Закона "Об обществах с ограниченной ответственностью" от 08.02.1998 г. N 14-ФЗ, согласно которому при присоединении общества подлежат погашению: доли в уставном капитале присоединяемого общества, принадлежащие обществу, к которому осуществляется присоединение.


Но договор то мы подавали и в нем указано, что при присоединении общества подлежат погашению: доли в уставном капитале присоединяемого общества, принадлежащие обществу, к которому осуществляется присоединение.

Переподать от другого лица?

Из первого Вашего сообщения и текста отказа я понимаю, что вы просуммировали уставные капиталы и не произвели погашение доли.

Да, отказ по пункту а
Уже изменили договор, завтра понесу в налоговую