у Вас членская организация, где состав членов может меняться внутренним решением, чтобы можно было ликвидировать НП, я бы приняла нового члена, чтобы было, как минимум, двое реальных членов и от их имени приняла решение о ликвидации, а дальше назначаете ликвидатора или ликвидационную комиссию, которые проведут процедуру закрытия компании.
члена, который пропал, можно исключить, например, по следующим причинам -  систематического невыполнения своих обязанностей, не уплаты членского взноса, непосещения более двух раз Общего собрания членов без уважительной причины, при соблюдении регламента его созыва  и т.д. (какую бы причину не пропишите, желательно, чтобы было документально подтверждено, в случае чего).