Так Минюст членов не отслеживает, Вы самостоятельно ведете реестр членов и можете также самостоятельно его исключить, для этого необходимо посмотреть по уставу какой орган принимает решение об исключении членов, собраться, чтобы был кворум, проголосовать (опять же смотрим по уставу какое количество голосов необходимо для принятия решения) и исключить с указанием причины, обязательно оформить протокол и новый реестр членов.