Физ лицо может зарегистрироваться в качестве индивидуального предпринимателя несмотря на то, что он участвовал в исключенных компаниях.
Эти ограничения в данном случае не распространяются на его регистрацию в качестве ИП.  

Исключение ООО из ЕГРЮЛ по решению налоговой инспекции является основание для отказа при регистрации на гражданина, участвовавшего в такой компании, новой ООО.
п. "ф" ст. 23 закона о госрегистрации юр.лиц и ИП указывает, что в регистрации юр.лица должно быть отказано, если в регорган представлены документы для включения в ЕГРЮЛ сведений о физ.лице в качестве учредителя или руководителя регистрируемого юр.лица, если данные физ лица участвовали ранее в исключенной из ЕГРЮЛ ООО в качестве лица действовавшего без доверенности или участника, владевшего в этом исключенном ООО долей более 50% .... при условии, что с момента исключения ООО не прошло 3 года.

ИП не является юр.лицом, поэтому участие физ лица в исключенной ООО не помешает в регистрации ИП.
В регистрации ИП может помешать:
1. если физ.лицо уже имеет статус ИП
2. если не прошло 5 лет с момента завершения процедуры реализации имущества или прекращения производства по делу о банкротстве в ходе такой процедуры;
3. либо не истек срок, на который данное физ.лицо по приговору суда лишено права заниматься предпринимательской деятельностью;
4. который намерен осуществлять отдельные виды предпринимательской деятельности (в сфере образования, воспитания, развития несовершеннолетних, организации их отдыха и оздоровления, медицинского обеспечения, социальной защиты и социального обслуживания, в сфере детско-юношеского спорта, культуры и искусства с участием несовершеннолетних, перечень которых утверждается Правительством Российской Федерации) в случае, если данное физическое лицо имеет или имело судимость, подвергалось уголовному преследованию (за исключением лиц, уголовное преследование в отношении которых прекращено по реабилитирующим основаниям) за преступления против жизни и здоровья, свободы, чести и достоинства личности (за исключением незаконной госпитализации в медицинскую организацию, оказывающую психиатрическую помощь в стационарных условиях, и клеветы), половой неприкосновенности и половой свободы личности, против семьи и несовершеннолетних, здоровья населения и общественной нравственности, основ конституционного строя и безопасности государства, мира и безопасности человечества, общественной безопасности либо имеет неснятую или непогашенную судимость за иные умышленные тяжкие и особо тяжкие преступления.

Какие поводы могут быть для отказа в регистрации ИП?

Можно регистрировать с помощью смартфона. Тогда многие ошибки отпадут сами.