нет, Минюст при отказе в гос. регистрации будет ссылаться на ст. 3 ФЗ-7 "Об НКО" - п. 5 Некоммерческая организация имеет печать с полным наименованием этой некоммерческой организации на русском языке.

если Вы имеете ввиду фонетическую транскрипцию русских слов, то как такового запрета нет, но я бы не рисковала, Минюст очень придирчиво относится к наименованиям НКО
либо укажите в именной части в скобках и вместе с комплектом документов подайте пояснительную записку с изложением почему именно такое наименование необходимо для Вашей НКО.